종합소득세 수정신고를 하는 경우 중소기업특별세액감면을 받을 수 있나요?

네. 가능합니다.

사업자가 과소신고 소득금액을 「국세기본법」 제45조의 규정에 의하여 수정신고하는 경우에는 「조세특례제한법」 제128조 제3항 규정의 감면 배제 사유에 해당하지 아니하면 중소기업 특별세액감면을 적용받을 수 있습니다.