점포임차시 지급한 보증금 금액은 주요경비로 포함되나요?

아닙니다.

주요경비로 인정되는 임차료는 사업에 직접 사용하는 건축물 및 기계장치 등 고정자산을 타인으로부터 임차하고 지출하였거나 지출할 금액으로 보증금은 임차료의 범위에 해당하지 않습니다.