종교단체가 종교인소득 지급 시 반드시 원천징수를 해야 하나요?

아닙니다.

원천징수 여부는 선택사항이며, 종교단체가 원천징수 하지 않은 경우 종교인이 다음 해 5월 종합소득세 확정신고를 하여야 합니다.