연금저축에 가입하여 납입액을 세액공제 받은 후 중도에 해지하는 경우 종합소득세 신고 대상인가요?

아닙니다.

연금계좌에서 세액공제를 받은 연금계좌 납입액과 운용수익을 연금외 수령하는 경우 기타소득 15% 세율로 무조건 분리과세 되므로 종합소득세 신고 대상에 해당하지 않습니다.