두 회사에 다니면서 자기차량운전보조금을 각각 받은 경우 비과세 규정을 적용받을 수 있나요?

네. 가능합니다.

지급하는 회사를 기준으로 각각 월 20만원 이내의 금액을 비과세합니다.

* 예시 : A, B회사에서 각각 월 20만원의 자기차량운전보조금을 수령

  → 각 회사에서 각각 실비변상적으로 받는 경우 각각 비과세 적용 가능