차량운행에 따른 소요경비의 증빙서류를 따로 비치하여야 자기차량운전보조금 비과세를 적용받을 수 있나요?

아닙니다.

증빙서류 비치여부에 관계없이 사규 등에 의하여 실제적으로 지급받는 월 20만원 이내의 금액을 말하는 것이므로, 소요경비의 증빙서류가 없더라도 비과세 적용됩니다.