국민건강보험료 및 고용보험료 사용자(회사) 부담분은 근로소득으로 과세되나요?

아닙니다.

국민건강보험법, 고용보험법, 노인장기요양보험법에 따라 국가·지방자치단체 또는 사용자(회사)가 부담하는 부담금은 비과세 소득에 해당됩니다.