직장가입자의 '소득월액보험료' 가 연말정산간소화에서 조회되는데, 조회되는 금액대로 공제를 받으면 되나요?

네. 맞습니다.

직장가입자의 소득월액보험료는 납부시점을 기준으로 공제받으며, 연말정산간소화에서도 납부금액을 기준으로 조회되므로, 조회되는 금액대로 공제받으시면 됩니다.