근로자가 부담할 보장성보험료를 회사가 지급한 경우에도 공제가능한가요?

네. 가능합니다.

보험료를 사용자가 지급해주는 경우 보험료 상당액은 근로자의 급여액에 가산하고 보험료 세액공제 적용가능합니다.

다만, 근로소득으로 보지 않는 단체보장성보험은 급여에 포함되지 않으며 또한 보험료 세액공제대상에 해당하지 않습니다.