어머니가 요양원에 입원하여 요양비용을 지출했는데 의료비 세액공제를 적용받을 수 있나요?

네. 가능합니다.

노인장기요양보험법 제40조 제1항 및 같은조 제2항 제3호에 따른 장기요양급여에 대한 비용으로서 실제 지출한 본인일부부담금을 공제받을 수 있습니다.