김치를 규격된 용기에 상표부착 후 판매시에도 면세를 적용받을 수 있나요?

아닙니다.

판매목적으로 독립된 거래단위로 관입·병입 기타 이와 유사한 형태로 포장하여 공급하는 것은 과세되는 것이나, 단순히 운반목적으로 포장된 것만을 면세대상으로 봅니다.