영업권 명목으로 세금계산서를 교부한 경우에도 기타소득 원천징수의무가 있는 것인가요?

네. 있습니다.

법인이 점포를 개설하기 위해 부동산 임대차계약을 체결하면서 기존 임차인인 개인사업자에게 영업권 명목으로 권리금(점포임차권)을 지급하고 세금계산서를 교부받은 경우에도 해당 기타소득(영업권 대가)에 대한 소득세 원천징수의무가 있는 것입니다.